"Аерофлот" е създадена малко след края на Гражданската война в Русия – през 1923 година. В самото начало има друго име – "Добролет", което означава "добър полет". Компанията получава сегашното си име в началото на 1930-те години.
Един от първите международни маршрути на съветските авиолинии е до германския Кьонингсберг (днешния руски Калининград), а първите редовни вътрешни полети са до Нижни Новгород (400 км югоизточно от Москва). Съветските пилоти по това време летят на немски Junker F-13.
В началото на 1930-те обаче вече се ползват първите съветски самолети АНТ-9 и К-5. Тогава е открито и първото гражданско летище в Москва. То е едно от най-големите в света и се намира до днешната метростанция "Аэропорт".
Първите стюардеси в "Аерофлот" се появяват през 1939 г., макар да не се наричат така по това време: по-скоро са наричани "небесные девушки" (небесни момичета). Но тогава има строги изисквания към тях: не трябва да са по-високи от 162 см и не бива да тежат повече от 52 килограма.
"Аерофлот" бързо се разраства след края на Втората световна война. Летище "Внуково" в Москва става най-големият хъб в СССР за времето си. През 1956 г. съветската авиокомпания е първата в света, която пуска в полет пътническия самолет Ту-104.
В края на 1950-те "Аерофлот" поставя друг рекорд. Тогава Ту-114, най-големият в света пътнически самолет, се издига в небето. По-късно той е заменен от представител на друга марка съветски самолети – Ил-62.
През 1960-те години е създадена Рекламна и информационна служба на "Аерофлот". По това време става популярен и лозунгът "Летете с "Аерофлот"". Има много шеги по този повод, тъй като в СССР няма други авиокомпании и човек не може да лети с друга компания – колкото и да го иска.
Обръщението зад слогана обаче цели да убеди пътниците да използват самолети вместо влакове, които са смятани за основен конкурент на "Аерофлот".
Съветската компания разполага с най-голям брой самолети в парка си – над 2000 броя: от "Антонов" Ан-2 "Кукурузник“ до свръхзвуковия Ту-144 (първият в света свръхзвуков пътнически самолет). Един от главните им самолети през последните години на СССР е Ту-154.
През 1980 г. "Аерофлот" е основен превозвач на Летните Олимпийски игри, които се провеждат в Москва. Компанията е включена в редица международни филми, включително холивудската класика от 2001 г. "Космическа одисея" и съветско-италианската копродукция "Невероятните приключения на италианците в Русия".
През 1980-те години "Аерофлот" летят на всички континенти и превозват около 120 млн. пътници годишно. Тези цифри влизат в рекордите на Гинес, като и до днес си остават непокътнати. За времето си това е най-голямата авиокомпания в света.
"Аерофлот" е и компанията, която лети по най-дългия маршрут в света – 18 хил. км - Москва-Рабат-Хавана-Лима-Сантяго.